Chef du groupe 45, Martin s’apprête à rentrer en France et passer les rênes de son commando – composé de Spit, spécialiste en explosif, Rimbaud, médic, Paco, spécialiste drone, et la dernière recrue, Sab, sniper – à son adjoint, Olivier. Mais, à quelques heures de son départ, Martin capture Zaïd, un important émir français de Daech, qui en échange de l’exfiltration de sa fille Salwa et de son petit-fils Yanis, se dit prêt à collaborer avec les Français.
Au lendemain du lancement de la bataille de Mossoul, le commando de Martin, accompagné de leur nouveau fixeur et interprète irakien Salar Fakhri, retourne dans les égouts afin de tenter de localiser Fares sous couvert d’une mission de sécurisation, alors qu’Olivier est plongé dans le coma. De son côté, Adèle se lance à la recherche de Salwa, aidée par le renseignement kurde.
Malgré l’échec de l’exfiltration de Salwa, grâce aux informations des Kurdes, le groupe 45 se remet sur sa trace qui les mènera droit à un piège. De leur côté, Hilaire et Mélissa, les adjoints d’Adèle, toujours à la poursuite des djihadistes, suivent la piste du gilet humanitaire récupéré dans leur QG.
Alors que Martin et ses hommes partent à la poursuite d’un trafiquant d’armes dans la région d’Al-Ana susceptible de leur donner des informations sur la localisation de Farès et Salwa, Adèle continue ses recherches pour retrouver Yanis, présumé retenu dans un camp d’entraînement pour enfants-soldats.
Tandis que le commando part à l’assaut d’une probable planque de Farès et Salwa, Adèle apprend une terrible nouvelle. Durant la bataille, les Français vont perdre l’un des leurs.
Une fois le commando de retour à la base, toute la task force se mobilise pour retrouver leur opérateur disparu, sans succès. Zaïd leur propose alors son aide sous conditions.